Vättlefjälls sjöar är - s.k. - urbergs - sjöar då de näringsrika sedimenten har spolats ner i dalgångarna. Sjöarna är i allmänhet relativt grunda men några av dem har enstaka djuphålor på 15-16 meters djup. Sjöarnas och mossarnas vegetation är av näringsfattig art. Några av de små tjärnarna har passande namn som Oxögat och Valbergsöga.
Surtesjön är den största sjön på Vättlefjäll och håller flera allmänna badplatser i sjöns norra och södra del. Sjön ger även Göteborgarna ett rikt friluftsliv med kanotpaddling runt sjön och via kanaler även till bl.a. Stentjärn, Skyrsjön och Stora Kroksjön. Även iordningställda platser för övernattning och grillning finns vid sjöarnas stränder. (se även under vattenreglering)
Norr om Surtesjön ligger två små sjöar, Klaravattnet och Svartvattnet. Klaravattnet är som namnet antyder en sjö med mycket klart vatten och bra siktdjup. Svartvattnet strax intill har ett mörkt vatten då det är fråga om en mossjö. Att stå vid strandkanten och titta ner i den mörka sjön ger en upplevelse av mystik.
I sjöarna på Vättlefjäll förekommer normalt endast gädda och abborre. I Holmesjön finns dock öring.
Fler av områdets sjöar i bild. Hållsjön, Mollsjön, Högsjön, Hundsjön. Vidare Ebbetjärn, Hålbäckstjärn, Skrovtjärn, Orrekärr, Svältekärr, Andtjärn, Målen, Gäddevattnet, Grästjärnet, Nödsjön, Drisstjärarna och Abborretjärnen. Långvattnet finns i både Angered och Bergum. Ytterligare sjöar, Klövsjön, Gåsevatten och Horssöcket.
Ej bildsatta är Idtjärnet som kallades Gunnaredssjön i äldre tider, Mölnesjön, och Lilla Stentjärnet.
Den lilla sjö som ligger vid Jennylunds ridanläggning ovanför Bohus var grustäkt fram till slutet av 1950-talet. Sjön heter idag Källtorpssjön men har även kallats Alexanderssons sjö.
Åter till ungdomens badplats. Som barn på cykel och senare på moped ute på landet gick färden via slingrande grusvägar omgivna av betande kor och hästar och därefter genom skog till Lilla Kroksjön för att bada och ha roligt, svalka av sig under värmeböljor och när den tiden var inne bli av med dammet efter höbärgningen. Är nu tillbaka fem decennier senare och minns. Det har dock växt upp träd och växt igen sedan dess.
Ytterligare bilder på sjöar finns i avsnittet, vattenregleringen.
Området är rikt på mossar och kärr. En del av mossarna är svagt tuviga och har vitmossa som tuvbildande art. Detta syns framför allt på Långemossen som är den enda högmossen i området. Fragment av mossvegetation finns även på Orremossen och Trytjärnmossen. De flesta mossarna har dock karaktären av fattigmossar. En sådan säregen mosse är Dymossen. De flesta mossarna har i gamla tider använts som torvtäkter. Spår av detta syns fortfarande trots att lågväxande tall och björk har återtagit många av de mossar som nu är belägna inne i skogen. På de större och öppnare mossarna, t ex Store mosse är det svårt idag att se spåren efter torvtäkter. Se vidare i avsnittet gårdar.
Ett långsträckt och smalt mossområde inklämt mellan bergssidor i Vättlefjälls mellersta del är den några kilometer långa Nödsjömossen. I mossen finns även Nödsjön.
Orremossen är hemvist för trädlärka och spelplats för orre. Storlommen förekommer i Björsjön, Mollsjön och Holmesjön.
Klockgentiana finns på Vättlefjäll. Växer utmed de sjöstränder och på de fuktiga hedmarker som finns i området. Är en flerårig upprättstående ört som kan bli tre till fyra decimeter hög och blommar i juli-september. I Sverige är Klockgentiana en sällsynt växt men har en viss utbredning i sydvästra delen av vårt land. En av Västsveriges större populationer finns kanske på Vättlefjäll. Klockgentianan är även växtvärd för den sällsynta fjärilen Alkonblåvinge som nästan uteslutande använder denna ört som en del i sin fortplantning.